突出粘性末端

 当一种限制性内切酶在一个特异性的碱基序列处切断DNA时，就可在切口处留下几个未配对的核苷酸片断，即5’突出或3‘突出粘性末端。这些片断可以通过重叠的5‘末端或3’末端形成的氢键相连，或者通过分子内反应环化。因此称这些片断具有粘性，叫做粘性末端。这是限制性核酸内切酶的基本特性。

　　II型限制酶的识别序列通常由4～8个碱基对组成，他们具有二重旋转对称轴，这些碱基对的序列呈回文结构（palindromic structure）。所有限制酶切割DNA后，均产生含5‘磷酸基和3’羟基的末端。限制酶作用所产生的DNA片段有以下两种形式：

(1) 形成粘性末端（cohesive end）
　　有些限制酶不在识别序列的对称轴上切割，而是交错切割结果形成的DNA限制片段具有粘性末端。例如HindIII切割结果形成5’单链突出的粘性末端；而PstI切割结果却形成3‘ 单链突出的粘性末端。

　　（2）形成平末端（blunt end）

　　有些限制酶在识别序列的对称轴上切割，形成的DNA片段具有平末端。例如HpaI切割结果形成平末端。

　　HindIII的识别序列是： HpaI的识别序列是：

 

　　不同的限制性核酸内切酶识别DNA中的碱基对序列长短不同。在随机排列的DNA序列中，识别位点序列长的限制酶，在酶切后所得到的DNA片段长，相反识别位点序列短的限制酶，酶切后所得到DNA片段短。

　　同裂酶（Isoschizomers） 有些来源不同的限制酶却识别和切割相同的序列，这类限制酶称为同裂酶。同裂酶产生同样切割，形成同样的末端，酶切后所得到的DNA片段经连接后所形成重组序列，仍可能被原来的限制酶所切割。同裂酶之间的性质有所不同（如对离子强度、反应温度以及对甲基化碱基的敏感性等方面可能有所差别）。

　　同尾酶(Isocaudomers) 有些来源不同的限制酶，识别及切割序列各不相同，但却能产生出相同的粘性末端，这类限制酶称为同尾酶。但两种同尾酶切割形成的DNA片段经连接后所形成的重组序列，不能被原来的限制酶所识别和切割。EcoRI 和MunI属于同尾酶。