东南亚人群基因组计划

东南亚人群基因组计划（SEA3K）是由中国科学院昆明动物研究所牵头，联合东南亚多国科研机构历时十余年完成的大型国际合作项目。其首期成果于2025年5月14日发表在《自然》期刊，系统揭示了东南亚大陆人群的遗传结构、演化历史及环境适应性特征，填补了全球基因组研究的“南方盲区”135。

一、研究背景与数据采集

东南亚大陆（Mainland Southeast Asia, MSEA）是人类迁徙和文化交流的重要枢纽，拥有近3亿人口，涵盖五大语系、多种民族和文化形态。然而，此前全球67万例全基因组测序数据中仅有1.57%来自东南亚人群，且土著人群样本严重不足136。
为填补这一空白，研究团队深入东南亚雨林腹地，采集了6个国家、30多个地区的3023例人群样本，完成了二代短读长（平均43.5×）和三代长读长（平均32.7×）全基因组测序，构建了首个高精度东南亚人群遗传变异数据集SEA3K，包含8000万个短序列变异和10万个结构变异，其中2000万短变异和2.5万结构变异为新发现147。

二、核心研究成果

1. 人群遗传结构与演化历史

   • 东南亚人群的遗传结构主要与地理分布相关，而非语言或文化分类，表明地理隔离是人群分化的主要驱动力15。

   • 识别出四种关键遗传成分，其中柬埔寨及安达曼群岛人群保留了独特的古老成分，可能源于早期迁徙的“古老人群”16。

   • 末次冰期后，东南亚人口因农业扩张从瓶颈期进入爆发式增长阶段13。

2. 热带雨林环境适应性基因

   • 发现44个受自然选择影响的基因组区域，涉及89个基因（72个为新发现），如：

     • SLC24A5：调节皮肤色素沉着，抵御强紫外线37；

     • CDC42SE2：减轻蚊虫叮咬引发的炎症反应16；

     • FLG和TCHH：增强皮肤屏障功能，促进卷发表型以加速散热17。

   • 首次发现东南亚人群特异的大规模结构变异，如PEX14基因内含子区7439-bp缺失，可能与骨密度适应相关17。

3. 丹尼索瓦人基因渗入的多次事件

   • 除东亚人群已知的两次渗入外，首次在东南亚土著人群中发现第三次丹尼索瓦人基因渗入，提示该古人类可能广泛分布于亚洲东部157。

   • 渗入的基因片段涉及代谢调节、免疫增强和肌肉发育功能，可能助力东南亚人群适应热带环境36。

4. 疾病遗传机制解析

   • 鉴定出10个东南亚高频致病变异，如HBA2基因突变（α地中海贫血相关，频率28.6%），可能源于抗疟疾的平衡选择14。

   • 发现189个全新纯合子功能丧失变异，为罕见病研究提供天然模型16。

三、科学与社会意义

1. 填补基因组研究空白：SEA3K数据集为全球人类遗传多样性图谱补全了关键区域，推动了对热带环境适应和疾病遗传机制的理解35。

2. 推动精准医学：研究成果为东南亚地区疾病风险评估、遗传咨询及精准医疗提供了数据支撑46。

3. 国际合作范式：该项目作为“一带一路”科技合作的典范，促进了跨境健康治理和区域科技协同17。

四、未来计划

研究团队已启动二期工程（SEA10K），计划构建覆盖东南亚全域的万人级基因组图谱，重点解析大陆与岛屿人群的遗传关联，为东盟疾病联防联控提供数据基础，并深化“一带一路”健康科学合作147。

参考资料：

• SEA3K数据集已发布于国家基因组科学数据中心（https://ngdc.cncb.ac.cn/SEA3K/）1。

• 研究论文链接：Nature文章7。