动物肠道微生物组全类群框架

定义

动物肠道微生物组全类群框架（holo-microbiome framework of animal gut）是2026年由云南大学张志刚研究员团队联合多家科研机构提出的整合性研究范式。该框架突破了传统研究仅关注细菌的局限，将细菌、古菌、真菌、病毒和原生生物“五界微生物”纳入统一的知识体系进行统筹研究。 ADSFAEQWER353423413434

分类

该框架将肠道微生物按照“宿主类群—微生物界别—时空维度”三个维度进行分类： ADSFAEQWER353423413434

• 宿主维度：涵盖野生宿主与家养动物、脊椎动物与无脊椎动物。
• 微生物维度：细菌（Bacteria）、古菌（Archaea）、真菌（Fungi）、病毒（Viruses）和原生生物（Protists）。
• 时空维度：时间异质性（日间节律、生命周期）和空间异质性（从口腔到泄殖腔的肠道空间梯度）。

机制

该框架的核心机制在于揭示多界微生物与宿主的协同演化关系：

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• 协同进化：肠道微生物与宿主经历了长期的协同进化，形成“全生物体”（holobiont）的共生单元。肠道微生物不仅参与营养转化和免疫稳态，更是动物应对低氧、温度胁迫、季节波动和毒性食物的重要“隐形器官”。
• 生态组装：肠道微生物群的组装受到中性过程（随机定殖）、生态位选择（宿主筛选）和协同进化（共物种形成）三重机制的共同调控。

意义

• 填补研究空白：在估计约777万种动物中，真正接受过肠道微生物研究的不及0.01%。该框架为探索“微生物暗物质”提供了系统性路线图。
• One Health实践：将动物肠道微生物组研究提升到生物多样性保护、绿色养殖、气候韧性与人兽共患病防控的战略高度。

研究热点

当前的热点问题包括：

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• 工业化扰动：工业化养殖中的抗生素、加工饲料等因素如何打断动物与微生物的长期协同进化关系。
• 极端环境适应：藏羚羊、企鹅等极端环境动物的肠道微生物如何协助宿主适应低氧、低温等极端条件。

未来方向

未来将依托全球协作网络、标准化数据库和AI驱动发现，构建面向生态管理、疾病防控、养殖提质与环境修复的可预测、可工程化微生物组科学体系。 ADFASDFAF23RQ23R

参考文献

1. Zhang, Z.G., Jiang, F., Li, Z.P., et al. Animal Gut Microbes and Microbiomes in the 21st Century and Beyond. Science China Life Sciences. 2026. DOI: 10.1007/s11427-026-9999-9.
2. 张志刚， 张同作， 等. 21世纪动物肠道微生物研究：进展、瓶颈与展望. 中国科学: 生命科学. 2026.