Padj

在RNA测序数据分析中，p值（p-value）和校正后的p值（adjusted p-value, 或 padj）是常用的统计指标，用于判断基因表达差异的显著性。两者的区别和用法如下：

1. p值（p-value）

   - 定义：p值表示观察到的差异（例如基因表达水平差异）是由于随机变化的可能性。较小的p值（如< 0.05）表明该差异可能具有统计学显著性。

   - 局限性：由于RNA测序数据中通常包含成千上万个基因或转录本，直接使用p值会导致大量假阳性。即使基因之间没有显著差异，随机变化也可能使少量基因显示出显著的p值，因此p值的多重比较问题需要纠正。

2. 校正后的p值（padj，adjusted p-value）

   - 定义：padj值是经过多重假设检验校正后的p值，通常使用Benjamini-Hochberg（BH）方法或Bonferroni校正来控制假阳性率。校正后的p值反映了多个检验情况下的显著性水平，因此比p值更可靠。

   - 目的：padj的作用是控制假发现率（FDR），以减少多次比较中出现的假阳性。因此，在RNA测序的差异表达基因分析中，padj比p值更严格。

3. 应使用哪一个？

   - 在RNA测序分析中，应优先使用校正后的p值（padj），因为它更适合多重比较的统计问题，可以有效降低假阳性风险。通常，padj < 0.05 被认为是显著的标准，表示该基因的差异表达在统计上具有显著性。

   - 如果不进行校正，仅使用p值，尤其在大量基因分析中，可能会导致错误的显著性判断。

总结

在RNA测序数据分析中，padj（校正后的p值）是推荐使用的指标，因为它更能反映多重比较情况下的显著性，而不是p值。