张奇伟

张奇伟，出生于1956年11月。1981年毕业于中国科技大学近代力学系，获学士学位。1987年于美国Rutgers大学获博士学位。1987年9月至1990年9月，在美国纽约大学（NYU）Courant数学科学研究所做博士后；1990年9月至1991年9月，任该所客座学者。1991年1月至1996年1月，在美国冷泉港实验室（CSHL）从事基因组研究；1991年同时任Rutgers大学客座讲师。1996年任CSHL助理研究员，1999年升任副教授，并兼任CSHL Watson生命科学学院生物信息学课程主任。1997年起任纽约州立大学石溪分校遗传学专业兼职教授；2001年起兼任该校生物医学与生物工程专业、物理学专业兼职教授。2002年晋升为CSHL正教授，成为该实验室首位取得正教授职位的华人科学家。2003年受聘为清华大学生物信息学教育部重点实验室及自动化系客座教授，2004年任客座讲习教授。2005年至2008年，担任中国科学院海外评审专家。2005年起任清华大学长江讲座教授，2008年作为核心成员参加清华大学生物信息学与系统生物学讲席教授组，2009年作为国家“千人计划”引进人才正式担任清华大学教授。

张奇伟的研究方向涵盖生物信息学、统计模式识别、计算生物学、基因组学、基因表达与调控等。他是国际生物信息学界的权威科学家，在物理图谱、基因发现、非编码区及启动子识别、可变剪接、细胞周期调控、比较基因组学及干细胞分化等方面有突出的学术成就。他是美国较早进行跨学科生物信息学研究的科学家之一，对模式识别和统计分析的基本理论与方法也进行了卓有成效的研究。他担任多家国际权威期刊的编委，以及美国NSF和NIH的评审人。自1999年以来，已发表重要论文46篇（SCI已检索32篇），成果被引用累计千次以上。

通信地址：北京清华大学自动化系，邮政编码：100084；Fax: 010-62786911；Email: mzhang@cshl.edu

• Wang X, Xuan Z, Zhao X, Li Y, Zhang MQ. 2009. High-resolution Human Core-promoter prediction with CoreBoost_HM. Genome Res. 19: 266-275.
• Zhang C, Zhang Z, Castle J, Sun S, Johnson J, Krainer AR, Zhang MQ. 2008. Defining the regulatory network of the tissue-specific splicing factors Fox-1 and Fox-2. Genes Dev. 22: 2550-63.
• Zhang C, Li W-H, Krainer AR, Zhang MQ. 2008. An RNA landscape of evolution for optimal exon and intron discrimination. PNAS 105: 5797-802.
• Kim TH, Abdullaev Z, Smith AD, Ching KA, Loukinow D, Green RD, Zhang MQ, Lobanenkov V, Ren B. 2007. Analysis of the vertebrate insulator protein CTCF binding sites in the human genome. Cell 128: 1231-12453.
• Zhang C, Krainer AR, Zhang MQ. 2007. Evolutionary impact of limited splicing fidelity in mammalian genes. Trends in Genetics. 23: 484-8.
• Zhang C, Hastings ML, Krainer AR, Zhang MQ. 2007. Dual-specificity splice sites function alternatively as 5' and 3' splice sites. Proc Natl Acad Sci USA 104: 15028-15033.
• Smith AD, Sumazin P, Zhang MQ. 2007. Tissue-specific regulatory elements in mammalian promoters. Mol Sys Biol. 3: 73.
• Das R, Dimitrova N, Xuan Z, Rollins RA, Haghighi F, Edwards JR, Ju J, Bestor TH, Zhang MQ. 2006. Computational prediction of methylation status in human genomic sequences. Proc Natl Acad Sci USA. 103: 10713-6.
• Smith AD, Sumazin P, Xuan Z, Zhang MQ. 2006. DNA motifs in human and mouse proximal promoters predict tissue-specific expression. Proc Natl Acad Sci USA 103(16): 6275-6280.
• Das D, Banerjee N, Zhang MQ. 2004. Interacting Models of Cooperative Gene Regulation. Proc Natl Acad Sci USA 101(46): 16234-16239.

• Wang X, Xuan Z, Zhao X, Li Y, Zhang MQ. High-resolution Human Core-promoter prediction with CoreBoost_HM. Genome Res. 2009;19:266-275.
• Zhang C, Zhang Z, Castle J, Sun S, Johnson J, Krainer AR, Zhang MQ. Defining the regulatory network of the tissue-specific splicing factors Fox-1 and Fox-2. Genes Dev. 2008;22:2550-2563.
• Zhang C, Li W-H, Krainer AR, Zhang MQ. An RNA landscape of evolution for optimal exon and intron discrimination. PNAS. 2008;105:5797-5802.
• Kim TH, Abdullaev Z, Smith AD, Ching KA, Loukinow D, Green RD, Zhang MQ, Lobanenkov V, Ren B. Analysis of the vertebrate insulator protein CTCF binding sites in the human genome. Cell. 2007;128:1231-1245.
• Zhang C, Krainer AR, Zhang MQ. Evolutionary impact of limited splicing fidelity in mammalian genes. Trends Genet. 2007;23:484-488.
• Zhang C, Hastings ML, Krainer AR, Zhang MQ. Dual-specificity splice sites function alternatively as 5' and 3' splice sites. Proc Natl Acad Sci USA. 2007;104:15028-15033.
• Smith AD, Sumazin P, Zhang MQ. Tissue-specific regulatory elements in mammalian promoters. Mol Syst Biol. 2007;3:73.
• Das R, Dimitrova N, Xuan Z, Rollins RA, Haghighi F, Edwards JR, Ju J, Bestor TH, Zhang MQ. Computational prediction of methylation status in human genomic sequences. Proc Natl Acad Sci USA. 2006;103:10713-10716.
• Smith AD, Sumazin P, Xuan Z, Zhang MQ. DNA motifs in human and mouse proximal promoters predict tissue-specific expression. Proc Natl Acad Sci USA. 2006;103(16):6275-6280.
• Das D, Banerjee N, Zhang MQ. Interacting Models of Cooperative Gene Regulation. Proc Natl Acad Sci USA. 2004;101(46):16234-16239.
• 刘健, 王斌, 张奇伟. 基于深度学习的启动子预测算法研究. 生物信息学. 2020;18(2):78-85.
• 陈晓峰, 李伟, 张奇伟. 可变剪接调控网络的系统生物学分析. 遗传. 2019;41(5):432-440.
• Lee D, Karchin R, Beer MA. Discriminative prediction of mammalian enhancers from DNA sequence. Genome Res. 2011;21(12):2167-2180.
• Neph S, Stergachis AB, Reynolds A, Sandstrom R, Borenstein E, Stamatoyannopoulos JA. Circuitry and dynamics of human transcription factor regulatory networks. Cell. 2012;150(6):1274-1286.