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表观基因组

目录

一、英文名编辑本段

Epigenome  

二、核心定义编辑本段

表观基因组是基因组的 "第二层信息", 决定了不同细胞类型中基因的差异表达。 与基因组序列在所有细胞中基本一致不同, 表观基因组具有细胞类型特异性和组织特异性, 并且可在环境因素影响下发生动态变化, 同时部分表观遗传修饰可跨代遗传。

三、主要表观遗传修饰类型编辑本段

  1. DNA 甲基化:

     在 DNA 甲基转移酶(DNMT)催化下, 将甲基基团添加到胞嘧啶的 5 位碳原子上, 形成 5 - 甲基胞嘧啶(5mC)。 主要发生在 CpG 二核苷酸位点, 启动子区高甲基化通常与基因沉默相关。
  2. 组蛋白修饰:

     组蛋白 N 端尾部可发生多种共价修饰, 包括甲基化、 乙酰化、 磷酸化、 泛素化等。 不同修饰组合构成 "组蛋白密码": 如 H3K4me3 和 H3K9ac 与转录激活相关, H3K27me3 和 H3K9me3 与转录抑制相关。
  3. 染色质重塑:

     依赖 ATP 的染色质重塑复合物(如 SWI/SNF、 ISWI、 CHD 家族)通过移动、 驱逐或替换核小体, 改变染色质的可及性, 调控转录因子与 DNA 的结合。
  4. 非编码 RNA 调控:

     miRNA、 lncRNA、 circRNA 等非编码 RNA 通过转录后降解、 翻译抑制、 染色质修饰等方式, 参与表观基因组调控。

四、表观基因组的动态调控编辑本段

表观基因组在细胞生命周期中经历两次大规模重编程:
  1. 胚胎发育早期受精后, 亲本表观基因组被全面擦除, 然后重建胚胎特异性表观基因组, 这一过程决定了胚胎的发育潜能。
  2. 生殖细胞发生过程:原始生殖细胞的表观基因组被再次擦除, 然后重建配子特异性表观基因组, 确保配子的正常功能。 此外, 表观基因组在细胞分化过程中逐渐稳定, 维持细胞的身份特征; 同时可响应饮食、 压力、 毒素等环境因素发生动态变化。

五、生物学功能编辑本段

  1. 细胞分化与发育:

     通过调控基因表达模式, 决定细胞的分化方向和组织器官的形成, 是多细胞生物发育的分子基础。
  2. 基因组稳定性维持:

     抑制转座子的活性, 防止转座子跳跃导致的基因组不稳定。
  3. X 染色体失活:

     雌性哺乳动物通过 Xist lncRNA 介导的表观遗传修饰, 失活一条 X 染色体, 实现剂量补偿。
  4. 印记基因调控: 

    印记基因的表达具有亲本来源特异性, 由 DNA 甲基化等表观遗传修饰调控, 参与胚胎生长和胎盘发育。

六、疾病关联与应用编辑本段

  1. 癌症:

     癌细胞普遍存在表观基因组异常, 如抑癌基因启动子高甲基化沉默、 原癌基因低甲基化激活、 组蛋白修饰异常等。 表观遗传药物(如 DNA 甲基转移酶抑制剂阿扎胞苷、 组蛋白去乙酰化酶抑制剂伏立诺他)已用于治疗血液系统肿瘤。
  2. 神经发育障碍: 

    如雷特综合征(MECP2 基因突变)、 安吉尔曼综合征(UBE3A 印记基因异常)、 普拉德 - 威利综合征。
  3. 代谢疾病: 

    宫内营养不良可导致胎儿表观基因组改变, 增加成年后肥胖、 2 型糖尿病、 心血管疾病的发病风险("健康与疾病的发育起源" 假说)。
  4. 衰老:

     表观基因组随年龄发生渐进性改变, 称为 "表观遗传时钟", 可准确预测生物学年龄和衰老相关疾病的风险。
    主要表观遗传修饰类型及其对基因表达的调控示意图 的图像结果主要表观遗传修饰类型及其对基因表达的调控示意图 

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参考文献

[1].   Bird A. Perceptions of epigenetics. Nature, 2007, 447(7143): 396-398.
[2].   Bernstein BE, Meissner A, Lander ES. The mammalian epigenome. Cell, 2007, 128(4): 669-681.
[3].   ENCODE Project Consortium. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome. Nature, 2012, 489(7414): 57-74.