GUIDE-seq

GUIDE-seq（Genome-wide Unbiased Identification of DSBs Enabled by Sequencing）是一种用于检测CRISPR-Cas9介导的DNA双链断裂（DSBs）的方法。它通过结合Cas9介导的靶向基因组切割和DNA测序技术，能够高效地识别CRISPR-Cas9诱导的基因组编辑事件，包括脱靶效应和未预期的突变。

GUIDE-seq的工作原理如下：

1. **引入Cas9与gRNA复合物**：首先，在细胞中引入Cas9蛋白和与gRNA组合形成的Cas9-gRNA复合物。这个复合物会与目标DNA序列中的特定靶位点结合，导致DNA的双链断裂。

2. **引入双链断裂标签**：接着，在细胞中引入一种包含短序列标签的DNA片段。这些标签的序列与Cas9-gRNA复合物诱导的双链断裂位点相邻。

3. **标签与断裂位点连接**：当DNA双链断裂发生时，引入的DNA片段会与断裂位点连接。这使得在断裂位点周围形成了一段包含标签序列的DNA片段。

4. **文库构建和测序**：然后，通过文库构建和高通量测序技术，将这些包含标签序列的DNA片段进行放大和测序。

5. **数据分析**：最后，通过分析测序数据，可以确定断裂位点及其周围的序列。这使得可以识别CRISPR-Cas9介导的DNA双链断裂事件，并进一步研究脱靶效应和未预期的突变。

GUIDE-seq方法的优点包括高效、灵敏和全基因组范围的检测能力。它为研究人员提供了一种有效的工具，用于评估CRISPR-Cas9基因编辑技术的特异性和安全性，以及优化gRNA的设计和Cas9蛋白的选择。