树状图

树状图本质上是一个二叉树（英文：Binary tree），其基本组成部分包括：

• 叶子节点（英文：Leaf nodes）：代表最原始的单个数据点、观测对象或操作分类单元（OTUs）。
• 内部节点（英文：Internal nodes）：代表由两个或多个子节点（可以是叶子节点或其他内部节点）聚合而成的簇（Cluster）。
• 根节点（英文：Root node）：位于树状图顶端的节点，代表将所有对象聚合在一起的最终簇。
• 分支/边（英文：Branches/Edges）：连接节点，其长度（英文：Branch length）通常表示两个节点之间的距离（英文：Distance）或不相似度（英文：Dissimilarity）。

主要类型

根据分支方向，树状图主要分为两种：

1. 纵向树状图：根节点在上方，分支向下延伸。这是最常见的类型，便于展示聚合过程。
2. 横向树状图：根节点在左侧，分支向右延伸。适合标签较长的对象展示。

表1：树状图与相关图表的比较

树状图是层次聚类分析（英文：Hierarchical Clustering）的输出结果。构建过程主要包含以下步骤：

1. 定义距离矩阵：计算所有对象两两之间的距离（英文：Distance metric）（如欧氏距离、曼哈顿距离）或相似度（英文：Similarity metric）。
2. 选择连接方法：决定如何计算新形成的簇与其它簇/点之间的距离。常用方法包括：
   • 单连接（英文：Single Linkage）：取两个簇中最近两点间的距离。
   • 全连接（英文：Complete Linkage）：取两个簇中最远两点间的距离。
   • 平均连接（英文：Average Linkage）：取两个簇中所有点对距离的平均值。
   • 沃德法（英文：Ward's Method）：最小化聚类后产生的总方差增量。
3. 迭代聚合：将距离最近的两个对象/簇合并为一个新簇，更新距离矩阵，重复此过程直至所有对象合并为一簇。
4. 绘制图形：根据合并顺序和距离，以树形结构可视化整个过程。

如何解读

• 纵向阅读：从底部叶子节点开始向上看，可以看到对象如何一步步聚合成更大的簇。
• 分支长度：分支越短，表示被合并的两个对象/簇越相似。在根节点附近的长分支通常表示将差异很大的最终簇合并。
• 确定簇数：通过水平“切割”树状图（在某一高度画一条水平线），与垂直线相交的分支数即为该高度下建议的簇数目。

主要应用领域

1. 基因表达分析：对基因或样本进行聚类，识别共表达模式。
2. 系统发育学：构建展示物种或基因进化关系的系统发育树（英文：Phylogenetic tree），是树状图的特化应用。
3. 社会网络分析：对个体或群体进行聚类，发现社区结构。
4. 商业与市场研究：对客户、产品进行细分。
5. 文本挖掘：对文档或词汇进行主题聚类。

优点

• 直观性强：以图形化方式清晰展示数据层次结构和聚类过程。
• 无需预设簇数：可以展示所有可能的聚类层次，由研究者决定最终切割点。
• 信息量丰富：同时包含对象间相似性和聚类顺序的信息。

局限性

• 计算复杂度高：对于大规模数据集（n很大），计算距离矩阵和迭代聚合的复杂度较高。
• 不可逆性：一旦对象被聚合到一个簇中，在后续步骤中无法再分开。
• 对噪声和异常值敏感：不同的连接方法对噪声的敏感性不同（如单连接法易受噪声影响形成“链状”结构）。

树状图可以通过多种编程语言和软件轻松生成：

• 编程语言/库：
  • R语言：使用 stats 包中的 hclust() 函数和 plot() 函数，或 ggplot2 扩展包 ggdendro。
  • Python：使用 SciPy 库的 scipy.cluster.hierarchy 模块和 matplotlib 进行绘制，或 scikit-learn 库。
• 专业软件：MEGA（分子进化遗传学分析）、PAUP*（系统发育分析）、Cluster 3.0/TreeView 等。

• Hastie, T., Tibshirani, R., & Friedman, J. (2009). The Elements of Statistical Learning: Data Mining, Inference, and Prediction (2nd ed.). Springer.
• Müllner, D. (2011). Modern hierarchical, agglomerative clustering algorithms. arXiv preprint arXiv:1109.2378.
• Sokal, R. R., & Sneath, P. H. A. (1963). Principles of Numerical Taxonomy. W. H. Freeman.
• Felsenstein, J. (2004). Inferring Phylogenies. Sinauer Associates.
• R Core Team (2023). R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/.
• 陈润生. (2005). 生物信息学. 清华大学出版社.
• Everitt, B. S., Landau, S., Leese, M., & Stahl, D. (2011). Cluster Analysis (5th ed.). Wiley.
• 方开泰, 潘恩沛. (1982). 聚类分析. 地质出版社.