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基因定位

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基因定位编辑本段

基因定位是遗传学研究中的一项基本工作,旨在测定基因所属的连锁群染色体,以及基因在染色体上的相对或绝对位置。基因精细结构分析则进一步测定基因内部突变位点的排列。染色体基因定位方法多数也适用于染色体外遗传研究中的基因定位。

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基因定位有助于了解基因功能。例如,1945年E.B.刘易斯在果蝇中发现与中胸发育有关的几个基因相邻接,构成复合座位;1960年J.莫诺和F.雅各布报道大肠杆菌中与乳糖发酵有关的基因紧密连锁构成操纵子。此外,测定了基因位置后,可用该基因作为标记追踪染色体行为,如分析大肠杆菌接合过程中的基因转移顺序,研究染色体干涉、单体干涉和畸变,以及在育种中识别染色体替换。1913年C.B.布里奇斯首先在果蝇中通过X染色体不离开现象证实白眼基因位于X染色体上;同年A.H.斯特蒂文特根据基因距离与交换频率的关系,首次在果蝇中进行基因定位。 ADSFAEQWER353423413434

基因所属连锁群或染色体的测定编辑本段

系谱分析法

在早期人类遗传学研究中,通过系谱分析判断基因属于性染色体常染色体。男性患者的X连锁致病基因必然来自母亲,并传给女儿,呈交叉遗传。例如色盲基因于1911年通过系谱分析被确认为X连锁基因。

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非整倍体测交

利用三体单体品系与隐性突变型纯合杂交,通过子代表型比例判断基因所属染色体。例如,常染色体隐性突变纯合体与野生型三体杂交,子代中野生型与突变型之比为5:1;若与单体杂交,子代中突变型占50%。该方法适用于小麦、酵母等。

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四分体分析

在子囊菌中,通过分析四分体(子囊)类型判断基因是否连锁。亲代二型(PD)、非亲代二型(NPD)和四型(T)的比例可用于判定连锁关系。若PD数远多于NPD,且T多、NPD少,则两基因连锁;若PD与NPD接近,且T少、NPD多,则不连锁,通常以NPD/T比值大于或小于1/4作为判断标准。 ADFASDFAF23RQ23R

连锁群法

利用近着丝粒距离基因的定位法:将两个离着丝粒很近的突变型杂交,若属同一染色体,重组频率不超过两者着丝粒距离之和;否则为50%。该方法曾用于测定粗糙脉孢菌连锁群数为7。 ADSFAEQWER353423413434

同线法:如果一个细胞得到或丢失一条染色体,将同时得到或失去该染色体上的全部基因。利用人-鼠融合细胞随机丢失人染色体,结合表型测定,可判断基因所属染色体。例如,表2中保留染色体2的细胞株均出现甲和丙性状,表明二者基因位于人的2号染色体。 ADFASDFAF23RQ23R

单元化定位法:在构窠曲霉的准性生殖中,杂合二倍体细胞有丝分裂时随机丢失染色体,若一对染色体中显性基因丢失隐性性状得以表现。通过体细胞交换也可获得隐性纯合子,但一次交换仅影响着丝粒一侧。若着丝粒两侧隐性性状同时出现,则为染色体丢失所致。据此可判断待测基因是否与已知基因连锁。

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利用染色体易位的基因定位

直接观察法:易位改变基因连锁关系,通过遗传学分析发现连锁群改变,同时在显微镜下识别易位染色体,可确定连锁群与染色体的对应关系。例如,小鼠品系T1380的易位涉及连锁群LGⅡ和LGⅨ,细胞学观察涉及染色体9和17,从而确定LGⅡ属于9号染色体,LGⅨ属于17号染色体。

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假连锁法:相互易位杂合体在减数分裂中通过交互离开形成平衡配子,使非同源染色体上基因显示假连锁。将带有已知染色体标记的易位品系与突变型杂交,若突变基因与标记基因的野生型等位基因连锁,则可判定突变基因位于易位涉及的两染色体之一。例如,在粗糙脉孢菌中,利用带有al(Ⅰ染色体)、cot(Ⅳ染色体)、ylo(Ⅵ染色体)及Ⅰ-Ⅱ、Ⅳ-Ⅴ、Ⅲ-Ⅵ易位的品系,一次杂交可大致测定突变基因所属染色体。 ADSFAEQWER353423413434

基因在染色体上的位置的测定编辑本段

根据重组频率的基因定位

同一染色体上两基因距离愈远,交换机会愈多,重组体比例愈高。图距单位定义为1%重组体(1分摩)。 ADFASDFAF23RQ23R

三点测验:一次三基因杂交可测定三个基因的排列顺序和距离。例如,黑腹果蝇X染色体上的黄体(y)、白眼(w)、短翅(m)基因,通过雌蝇(y w m)与野生型雄蝇杂交,子代雌性杂合体再与雄性y w m回交,根据子二代表型可绘制遗传图。

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着丝粒距离法:在粗糙脉孢菌中,根据子囊孢子排列顺序测定基因与着丝粒的距离。子囊排列有6种,第二次分裂分离子囊的出现频率反映交换频率。例如,某一基因与着丝粒的交换频率可通过第二次分裂分离子囊比例计算。在高等植物中,可利用端着丝粒染色体进行测定。

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体细胞交换法:在杂合二倍体细胞中,体细胞交换导致远离着丝粒的隐性基因纯合化。通过分析纯合化频率可推知基因相对位置。频率愈高,离着丝粒愈远。该方法适用于不进行有性生殖真菌和衣藻叶绿体基因定位。 ADSFAEQWER353423413434

根据所测基因在某一已知染色体区段中是否存在的基因定位

缺失定位法:利用一系列已知缺失区段的缺失突变型,若待测突变位于缺失范围内,则无法通过重组获得野生型重组体;否则可得到。 ADFASDFAF23RQ23R

标记获救法:结合限制性内切酶图谱转化实验。例如,将大肠杆菌噬菌体ΦX174的野生型DNA用HindⅡ酶切,各片段与突变型amg的单链DNA混合后转化受体细菌,若出现大量野生型噬菌体,说明该片段包含amg的野生型基因。根据已知限制性片段位置推知amg的位置。已用该方法在ΦX174上测定了至少19个基因。 ADFASDFAF23RQ23R

根据并发事件的基因定位

转导:转导噬菌体只能包装一定长度的DNA。若两个基因能被同时转导,则距离较近。通过共转导频率可推算基因间距离。例如,大肠杆菌噬菌体P1包装DNA长约2分钟遗传图距,共转导频率与距离的关系可用于精细定位。

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共缺失法:缺失导致相邻基因同时突变。分析缺失引起的突变组合,可测定基因相对位置。该方法广泛应用于酵母线粒体基因定位。

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根据基因行为的定位

中断杂交法:见细菌接合。

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转录定位法:在RNA病毒中,整个基因组作为单个转录单位。紫外线损伤影响基因转录,愈靠近5'端的基因受抑愈严重。通过测定紫外线照射后各病毒蛋白产量,可推知基因位置。

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测定绝对位置的基因定位

细胞学图:利用缺失杂合体,若缺失包含显性野生型基因,则同源染色体上隐性突变性状得以表现。通过缺失突变型与细胞学观察结合,可将基因定位于唾腺染色体的特定横纹。例如,果蝇X染色体上小糙眼(fa)基因定位于3C7横纹。 ADSFAEQWER353423413434

物理图谱:利用限制性内切酶识别位点作为标记,构建限制图谱;或利用不同碱基对组成的变性特性差异,构建部分变性图,从而确定基因在DNA分子上的绝对位置。

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分子杂交:结合体细胞遗传学与分子杂交。获得含某条人染色体且具有不同缺失的仓鼠-人杂种细胞克隆,提取DNA并吸附于滤膜,用标记的基因片段作探针进行杂交,可判断基因是否位于缺失区段,结合显带技术实现绝对定位。

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基因精细结构分析编辑本段

重组频率定位法

与高等动植物原理相同,但微生物中可分析大量个体,并采用选择性培养提高效率。需注意标记影响。 ADFASDFAF23RQ23R

缺失定位法

需一系列部分缺失突变型。例如,在大肠杆菌T4噬菌体rⅡ基因中,通过一系列缺失突变型可迅速定位点突变。先利用大范围缺失确定区域,再利用该区域内的精细缺失进行精确位置测定。仅需观察有无噬菌斑,无需计数。

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共转导定位法

与基因共转导定位原理相同,一个转导噬菌体菌株即可,适用于同一基因内点突变的相对定位。 ADSFAEQWER353423413434

体细胞重组定位法

通过X射线处理杂合体促进体细胞交换,观察纯合化频率进行定位。 ADFASDFAF23RQ23R

基因转变的梯度定位法

子囊菌中,基因内部点突变的基因转变频率常呈梯度,一端高、一端低。通过测定未知点突变的转变频率可进行精细定位,仅限于影响子囊孢子颜色或形状的基因。 ADFASDFAF23RQ23R

小结编辑本段

基因定位是遗传学研究的基本方法,并随着分子遗传学发展不断涌现新方法。传统方法依赖杂交和突变基因,而现代方法如分子杂交定位等则不依赖这些条件。可以预见,未来将出现更为精确的基因定位手段。

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参考资料编辑本段

  • 刘祖洞. 遗传学. 高等教育出版社, 2013.
  • 戴灼华, 王亚馥, 粟翼玟. 现代遗传学. 高等教育出版社, 2021.
  • Lewin B. Genes IX. Jones & Bartlett Publishers, 2007.
  • Griffiths AJF, Wessler SR, Carroll SB, et al. Introduction to Genetic Analysis. 11th ed. W.H. Freeman, 2015.

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