朱瑞新
姓 名：朱瑞新
学 位：博士
导师情况：硕士生导师
研究领域：药物设计
研究方向：靶点及抑制剂预测模型、质子泵抑制剂改良和NASH生物标记物及病理
招生方向：欢迎对计算机辅助药物设计、生物信息学和药物合成感兴趣的同学报考
E-mail：rxzhu@tongji.edu.cn
通讯地址：上海市杨浦区四平路1239号同济大学生命科学与技术学院
个人简介:
现任同济大学生命科学与技术学院副教授。2001年毕业于兰州大学化学化工学院，获学士学位。2007年毕业于中国科学院上海有机化学研究所，获博士学 位。2007-2008年在上海生物信息技术研究中心从事科研工作。2008年至今在同济大学生命科学与技术学院从事教学和科研工作。2011年至今兼任 辽宁中医药大学药学院硕士生导师。2012至今兼任同济大学转化医学高等研究院副研究员。
科研工作情况：
综合运用化学、生物信息学和有机合成学方法，围绕着质子泵抑制剂改良和非酒精性脂肪肝生物标记物及病理，先后开展了1、靶点预测模型；2、靶点特异性抑制 剂设计模型；3、多靶点共同抑制剂设计模型；4、质子泵抑制剂（Proton Pump Inhibitor, PPI）改良；和5、非酒精性脂肪肝（Non-Alcoholic Steatohepatitis, NASH）生物标记物及病理研究。
1. 靶点预测模型
前期相关工作有：将序列保守性和排序融合等方法成功运用于活性位点预测，代表性成果有IJMS,2012, 13(7):8752-8761(通讯)；和BMC Bioinformatics, 2011, 12(Suppl 14):S9(通讯)。现致力于将复合物结构信息融入到靶点预测算法中，使得预测成功率大幅提高，正在进行专利申请。
2. 靶点特异性抑制剂设计模型
将“蛋白质化学计量学/Proteochemometrics”成功运用于构建HIV-1、HDAC和GPCR等靶点特异性抑制剂设计模型，并将复合物指 纹成功引入到该模型中，代表性成果有PLoS ONE, 2012,7(7): e41698. doi:10.1371/journal.pone.0041698 (通讯)；和BMC Bioinformatics, 2012,13:212(通讯)。目前将该模型应用于抗原-抗体的研究中，获得国家自然科学基金资助。
3. 多靶点共同抑制剂设计模型
将“多任务学习/Multi-task
learning”成功运用于构建HIV-1的多个靶点和HIV-1与HCV的多个靶点共同抑制剂设计模型，代表性成果有BMC
Bioinformatics, 2011, 12:294(并列通讯)；和Chin. J. Chem., 2010, 
28 1587-1592(通讯) 。目前这两篇文章均受到广泛关注。
4. 质子泵抑制剂（Proton Pump Inhibitor, PPI）改良
从PPI时间序列芯片着手对PPI的副作用进行全面研究；以CYP2C19为主进行PPI代谢快慢研究；综合运用各种计算机辅助药物设计方法对PPI进行结构优化；合成新的PPI类似物进行药理和毒理研究。
5. 非酒精性脂肪肝（Non-Alcoholic Steatohepatitis, NASH）生物标记物及病理研究
利用NASH全基因组芯片对NASH可能的生物标记物或病理进行初步研究，已取得初步成果PLoS ONE 2012 ;7(12):e51131. doi: 10.1371/journal.pone.0051131；从分子网络层面，深入开展NASH可能的生物标记物或病理研究：1、Meta analysis；和2、不同肝病病理阶段高通量数据的综合分析。
主持的科研项目
1． 中央高校基本科研业务费专项资金资助（编号：2000219083）
2． 国家自然科学基金资助（编号：31200986）
3． 高等学校博士学科点专项科研基金资助（编号：2010-0072120050）
4． 同济大学青年优秀人才培养行动计划资助 （编号：2008KJ073）
5． 上海市自然科学基金项目（编号：07ZR14085）
与其他单位合作申请的科研项目（即同济大学方主持人）
1．国家自然科学基金（编号：30973611），联合申请（PI：东华大学陈志龙教授）
2．上海市科技支撑项目（编号：12401900401），联合申请（PI：上中医刘平教授）
3. 上海市中药现代化专项（编号：09dZ1972800），联合申请（PI：上中医王峥涛教授）
出版教材专著情况
《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》，朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3。（国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材）
发表论文情况
2010年以来发表SCI检索论文36篇(其中22篇为第一作者/通讯作者)，代表性论文如下：
1.Tian, C,; Zhu, L,; Yu, D,; Cao, Z,; Kang T.; Zhu, R., The Stereoselectivity of CYP2C19 on R- and S-isomer of Proton Pump Inhibitors. Chem Biol Drug Des. 2013 Accepted, doi: 10.1111/cbdd.12274 （通讯）
2.Tian, C,; Zhu, R,; Zhu, L,; Qiu, T,; Cao, Z,; Kang T., Potassium channels: structures, diseases and modulators. Chem Biol Drug Des. 2013 Oct 7. doi: 10.1111/cbdd.12237. [Epub ahead of print] (并列第一)
3. Ma, C.; Tang, K.; Liu, Q.; Zhu, R.; Cao, Z., Calmodulin as a potential target by which berberine induce cell cycle arrest in human hepatoma Bel7402 cells. Chem Biol Drug Des 2013 Jun;81(6):775-83. doi: 10.1111/cbdd.12124. (并列通讯)
4. Wu, Q.; Kang, H.; Tian, C.; Huang, Q.; Zhu, R., Binding Mechanism of Inhibitors to CDK5/p25 Complex: Free Energy Calculation and Ranking Aggregation Analysis. Molecular Informatics, 32: 251–260. doi: 10.1002/minf.201200139. （通讯）
5. Zhang, Y.; Baker, S. S.; Baker, R. D.; Zhu, R.; Zhu, L., Systematic analysis of the gene expression in the livers of nonalcoholic steatohepatitis: implications on potential biomarkers and molecular pathological mechanism. PLoS One 2012, 7 (12), e51131. (并列通讯)
6. Gao, J.; Huang, Q.; Wu, D.; Zhang, Q.; Zhang, Y.; Chen, T.; Liu, Q.; Zhu, R.; Cao, Z.; He, Y., Study on human GPCR-inhibitor interactions by proteochemometric modeling. Gene 2013 Apr 10;518(1):124-31. doi: 10.1016/j.gene.2012.11.061. Epub 2012 Dec 14.
7. Gao, J.; Liu, Q.; Kang, H.; Cao, Z.; Zhu, R., Comparison of different ranking methods in protein-ligand binding site prediction. Int J Mol Sci 2012, 13 (7), 8752-61. （通讯）
8. Wu, D.; Huang, Q.; Zhang, Y.; Zhang, Q.; Liu, Q.; Gao, J.; Cao, Z.; Zhu, R., Screening of selective histone deacetylase inhibitors by proteochemometric modeling. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 212. （通讯）
9. Gao, J.; Che, D.; Zheng, V. W.; Zhu, R.; Liu, Q., Integrated QSAR study for inhibitors of hedgehog signal pathway against multiple cell lines:a collaborative filtering method. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 186.
10. Wang Huanhuan, W. P., Kang Hong, Xu Liang, Zhu Ruixin, Kang Tingguo, Modify a Fragment of Arctigenin with Pyrimidine Derivatives. Chin. J. Org. Chem. 2012, 32 (10), 1894-1898. （并列通讯）
11. Xu, T.; Zhu, R.; Liu, Q.; Cao, Z., Quantitatively integrating molecular structure and bioactivity profile evidence into drug-target relationship analysis. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 75.
12. Huang, Q.; Jin, H.; Liu, Q.; Wu, Q.; Kang, H.; Cao, Z.; Zhu, R., Proteochemometric modeling of the bioactivity spectra of HIV-1 protease inhibitors by introducing protein-ligand interaction fingerprint. PLoS One 2012, 7 (7), e41698. （通讯）
13. Wu Qiong, K. H., Wang Huanhuan, Gao Jun, Zhu Ruixin, Kang Tingguo, AT1R-based Virtual Screening Model for Bioactive Components from Traditional Chinese Medicines and Its Mechanism Study. Acta Chim. Sinica 2012, 70 (06), 796-802. (并列通讯)
14. Kang, H.; Sheng, Z.; Zhu, R.; Huang, Q.; Liu, Q.; Cao, Z., Virtual drug screen schema based on multiview similarity integration and ranking aggregation. J Chem Inf Model 2012, 52 (3), 834-43.
15. Dai, T.; Liu, Q.; Gao, J.; Cao, Z.; Zhu, R., A new protein-ligand binding sites prediction method based on the integration of protein sequence conservation information. BMC Bioinformatics 2011, 12 Suppl 14, S9. （通讯）
16. Gao, J.; Zhu, R. X.; Liu, Q.; Cao, Z. W., Petri Net Based Metabolic Network Parameters Fitting with GPU Acceleration. Chinese J Chem 2011, 29 (9), 1805-1810. (并列第一)
17. Sheng, Z.; Huang, Q.; Kang, H.; Liu, Q.; Cao, Z. W.; Zhu, R. X., A New Fingerprint of Chemical Compounds and Its Application to Drugs Virtual Screening. Acta Chim Sinica 2011, 69 (16), 1845-1850. (通讯)
18. Zhu, R. X.; Wang, F.; Liu, Q.; Kang, T. G., Quantitative Structure-Activity Relationship of IOPY/ISPY Analogues as HIV-1 Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors. Acta Chim Sinica 2011, 69 (15), 1731-1736. (第一)
19. Liu, Q.; Zhou, H.; Liu, L.; Chen, X.; Zhu, R.; Cao, Z., Multi-target QSAR modelling in the analysis and design of HIV-HCV co-inhibitors: an in-silico study. BMC Bioinformatics 2011, 12, 294. （并列通讯）
20. Tang, K.; Zhu, R.; Li, Y.; Cao, Z., Discrimination of approved drugs from experimental drugs by learning methods. BMC Bioinformatics 2011, 12, 157.
21. Ma, C.; Kang, H.; Liu, Q.; Zhu, R. X.; Cao, Z. W., Insight into potential toxicity mechanisms of melamine: An in silico study. Toxicology 2011, 283 (2-3), 96-100. （并列通讯）
22. Zhu, R. X.; Liu, Q.; Tang, J.; Li, H. L.; Cao, Z. W., Investigations on Inhibitors of Hedgehog Signal Pathway: A Quantitative Structure-Activity Relationship Study. Int J Mol Sci 2011, 12 (5), 3018-3033. (第一)
23. Zhu, R.; Hu, L.; Li, H.; Su, J.; Cao, Z.; Zhang, W., Novel Natural Inhibitors of CYP1A2 Identified by in Silico and in Vitro Screening. Int J Mol Sci 2011, 12 (5), 3250-62. (第一)
24. Huang, D.; Kang, H.; Zhang, D. F.; Sheng, Z.; Liu, Q.; Zhu, R. X.; Cao, Z. W., Comparison of Ligand-, Target Structure-, and Protein-Ligand Interaction Fingerprint-based Virtual Screening Methods. Acta Chim Sinica 2011, 69 (5), 515-522. (并列通讯)
25. Sheng, Z.; Kang, H.; Dai, T. L.; Liu, Q.; Zhu, R. X., Complementary Study of Structure Features and Gene Profile Features for Chemical Compounds. Acta Chim Sinica 2010, 68 (23), 2395-2400. (通讯)
26. Liu, Q.; Che, D. S.; Huang, Q.; Cao, Z. W.; Zhu, R. X., Multi-target QSAR Study in the Analysis and Design of HIV-1 Inhibitors. Chinese J Chem 2010, 28 (9), 1587-1592. (通讯)
27. Zhu, R. X.; Xie, M.; Wang, F.; Liu, Q.; Kang, T. G., An Efficient and Economical Method for the Preparation of Fmoc-Arg(omega,omega)'(Boc)(2)-OH. Chinese J Chem 2010, 28 (8), 1508-1509. (第一)
教学工作情况
1．2009年至今 计算机辅助药物设计
2．2010年至今 课程设计
3．2011年至今 生物信息学实验
4．2014年至今 生物信息学II
获得荣誉情况
1．2013年，同济大学生命科学与技术学院首届优秀班主任奖。
2．2012年，同济大学教学奖二等奖。
3．2012年，入选同济大学优秀青年教师优青计划（英才计划）。
4．2012年，同济大学生命科学与技术学院首届教学贡献奖二等奖。
5．2011年，同济大学“青年文明号”荣誉。
6．2010年，入选首届同济大学优秀青年教师培育计划（英才计划）。
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