朱瑞新

姓 名：朱瑞新

学 位：博士 ADFASDFAF23RQ23R

导师情况：硕士生导师

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研究领域：药物设计 ADFASDFAF23RQ23R

研究方向：靶点及抑制剂预测模型、质子泵抑制剂改良和NASH生物标记物及病理

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招生方向：欢迎对计算机辅助药物设计、生物信息学和药物合成感兴趣的同学报考

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E-mail：rxzhu@tongji.edu.cn

通讯地址：上海市杨浦区四平路1239号同济大学生命科学与技术学院 ADFASDFAF23RQ23R

现任同济大学生命科学与技术学院副教授。2001年毕业于兰州大学化学化工学院，获学士学位。2007年毕业于中国科学院上海有机化学研究所，获博士学位。2007-2008年在上海生物信息技术研究中心从事科研工作。2008年至今在同济大学生命科学与技术学院从事教学和科研工作。2011年至今兼任辽宁中医药大学药学院硕士生导师。2012至今兼任同济大学转化医学高等研究院副研究员。 ADSFAEQWER353423413434

综合运用化学、生物信息学和有机合成学方法，围绕着质子泵抑制剂改良和非酒精性脂肪肝生物标记物及病理，先后开展了1、靶点预测模型；2、靶点特异性抑制剂设计模型；3、多靶点共同抑制剂设计模型；4、质子泵抑制剂（Proton Pump Inhibitor, PPI）改良；和5、非酒精性脂肪肝（Non-Alcoholic Steatohepatitis, NASH）生物标记物及病理研究。 ADSFAEQWER353423413434

1. 靶点预测模型

前期相关工作有：将序列保守性和排序融合等方法成功运用于活性位点预测，代表性成果有IJMS, 2012, 13(7):8752-8761（通讯）；和BMC Bioinformatics, 2011, 12(Suppl 14):S9（通讯）。现致力于将复合物结构信息融入到靶点预测算法中，使得预测成功率大幅提高，正在进行专利申请。 ADSFAEQWER353423413434

2. 靶点特异性抑制剂设计模型

将“蛋白质化学计量学/Proteochemometrics”成功运用于构建HIV-1、HDAC和GPCR等靶点特异性抑制剂设计模型，并将复合物指纹成功引入到该模型中，代表性成果有PLoS ONE, 2012, 7(7): e41698（通讯）；和BMC Bioinformatics, 2012, 13:212（通讯）。目前将该模型应用于抗原-抗体的研究中，获得国家自然科学基金资助。

3. 多靶点共同抑制剂设计模型

将“多任务学习/Multi-task learning”成功运用于构建HIV-1的多个靶点和HIV-1与HCV的多个靶点共同抑制剂设计模型，代表性成果有BMC Bioinformatics, 2011, 12:294（并列通讯）；和Chin. J. Chem., 2010, 28:1587-1592（通讯）。目前这两篇文章均受到广泛关注。 ADSFAEQWER353423413434

4. 质子泵抑制剂（Proton Pump Inhibitor, PPI）改良

从PPI时间序列芯片着手对PPI的副作用进行全面研究；以CYP2C19为主进行PPI代谢快慢研究；综合运用各种计算机辅助药物设计方法对PPI进行结构优化；合成新的PPI类似物进行药理和毒理研究。

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5. 非酒精性脂肪肝（NASH）生物标记物及病理研究

利用NASH全基因组芯片对NASH可能的生物标记物或病理进行初步研究，已取得初步成果PLoS ONE 2012; 7(12):e51131；从分子网络层面，深入开展NASH可能的生物标记物或病理研究：1、Meta analysis；和2、不同肝病病理阶段高通量数据的综合分析。 ADFASDFAF23RQ23R

• 中央高校基本科研业务费专项资金资助（编号：2000219083）
• 国家自然科学基金资助（编号：31200986）
• 高等学校博士学科点专项科研基金资助（编号：2010-0072120050）
• 同济大学青年优秀人才培养行动计划资助（编号：2008KJ073）
• 上海市自然科学基金项目（编号：07ZR14085）

• 国家自然科学基金（编号：30973611），联合申请（PI：东华大学陈志龙教授）
• 上海市科技支撑项目（编号：12401900401），联合申请（PI：上中医刘平教授）
• 上海市中药现代化专项（编号：09dZ1972800），联合申请（PI：上中医王峥涛教授）

《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》，朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3。（国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材）

2010年以来发表SCI检索论文36篇（其中22篇为第一作者/通讯作者），代表性论文如下： ADSFAEQWER353423413434

• Tian, C; Zhu, L; Yu, D; Cao, Z; Kang T; Zhu, R. The Stereoselectivity of CYP2C19 on R- and S-isomer of Proton Pump Inhibitors. Chem Biol Drug Des. 2013 Accepted, doi: 10.1111/cbdd.12274 （通讯）
• Tian, C; Zhu, R; Zhu, L; Qiu, T; Cao, Z; Kang T. Potassium channels: structures, diseases and modulators. Chem Biol Drug Des. 2013 Oct 7. doi: 10.1111/cbdd.12237（并列第一）
• Ma, C.; Tang, K.; Liu, Q.; Zhu, R.; Cao, Z. Calmodulin as a potential target by which berberine induce cell cycle arrest in human hepatoma Bel7402 cells. Chem Biol Drug Des 2013 Jun;81(6):775-83（并列通讯）
• Wu, Q.; Kang, H.; Tian, C.; Huang, Q.; Zhu, R. Binding Mechanism of Inhibitors to CDK5/p25 Complex: Free Energy Calculation and Ranking Aggregation Analysis. Molecular Informatics, 32: 251–260（通讯）
• Zhang, Y.; Baker, S. S.; Baker, R. D.; Zhu, R.; Zhu, L. Systematic analysis of the gene expression in the livers of nonalcoholic steatohepatitis: implications on potential biomarkers and molecular pathological mechanism. PLoS One 2012, 7 (12), e51131（并列通讯）
• Gao, J.; Huang, Q.; Wu, D.; Zhang, Q.; Zhang, Y.; Chen, T.; Liu, Q.; Zhu, R.; Cao, Z.; He, Y. Study on human GPCR-inhibitor interactions by proteochemometric modeling. Gene 2013 Apr 10;518(1):124-31
• Gao, J.; Liu, Q.; Kang, H.; Cao, Z.; Zhu, R. Comparison of different ranking methods in protein-ligand binding site prediction. Int J Mol Sci 2012, 13 (7), 8752-61（通讯）
• Wu, D.; Huang, Q.; Zhang, Y.; Zhang, Q.; Liu, Q.; Gao, J.; Cao, Z.; Zhu, R. Screening of selective histone deacetylase inhibitors by proteochemometric modeling. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 212（通讯）
• Gao, J.; Che, D.; Zheng, V. W.; Zhu, R.; Liu, Q. Integrated QSAR study for inhibitors of hedgehog signal pathway against multiple cell lines: a collaborative filtering method. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 186
• Wang Huanhuan, W. P., Kang Hong, Xu Liang, Zhu Ruixin, Kang Tingguo. Modify a Fragment of Arctigenin with Pyrimidine Derivatives. Chin. J. Org. Chem. 2012, 32 (10), 1894-1898（并列通讯）
• Xu, T.; Zhu, R.; Liu, Q.; Cao, Z. Quantitatively integrating molecular structure and bioactivity profile evidence into drug-target relationship analysis. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 75
• Huang, Q.; Jin, H.; Liu, Q.; Wu, Q.; Kang, H.; Cao, Z.; Zhu, R. Proteochemometric modeling of the bioactivity spectra of HIV-1 protease inhibitors by introducing protein-ligand interaction fingerprint. PLoS One 2012, 7 (7), e41698（通讯）
• Wu Qiong, K. H., Wang Huanhuan, Gao Jun, Zhu Ruixin, Kang Tingguo. AT1R-based Virtual Screening Model for Bioactive Components from Traditional Chinese Medicines and Its Mechanism Study. Acta Chim. Sinica 2012, 70 (06), 796-802（并列通讯）
• Kang, H.; Sheng, Z.; Zhu, R.; Huang, Q.; Liu, Q.; Cao, Z. Virtual drug screen schema based on multiview similarity integration and ranking aggregation. J Chem Inf Model 2012, 52 (3), 834-43
• Dai, T.; Liu, Q.; Gao, J.; Cao, Z.; Zhu, R. A new protein-ligand binding sites prediction method based on the integration of protein sequence conservation information. BMC Bioinformatics 2011, 12 Suppl 14, S9（通讯）
• Gao, J.; Zhu, R. X.; Liu, Q.; Cao, Z. W. Petri Net Based Metabolic Network Parameters Fitting with GPU Acceleration. Chinese J Chem 2011, 29 (9), 1805-1810（并列第一）
• Sheng, Z.; Huang, Q.; Kang, H.; Liu, Q.; Cao, Z. W.; Zhu, R. X. A New Fingerprint of Chemical Compounds and Its Application to Drugs Virtual Screening. Acta Chim Sinica 2011, 69 (16), 1845-1850（通讯）
• Zhu, R. X.; Wang, F.; Liu, Q.; Kang, T. G. Quantitative Structure-Activity Relationship of IOPY/ISPY Analogues as HIV-1 Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors. Acta Chim Sinica 2011, 69 (15), 1731-1736（第一）
• Liu, Q.; Zhou, H.; Liu, L.; Chen, X.; Zhu, R.; Cao, Z. Multi-target QSAR modelling in the analysis and design of HIV-HCV co-inhibitors: an in-silico study. BMC Bioinformatics 2011, 12, 294（并列通讯）
• Tang, K.; Zhu, R.; Li, Y.; Cao, Z. Discrimination of approved drugs from experimental drugs by learning methods. BMC Bioinformatics 2011, 12, 157
• Ma, C.; Kang, H.; Liu, Q.; Zhu, R. X.; Cao, Z. W. Insight into potential toxicity mechanisms of melamine: An in silico study. Toxicology 2011, 283 (2-3), 96-100（并列通讯）
• Zhu, R. X.; Liu, Q.; Tang, J.; Li, H. L.; Cao, Z. W. Investigations on Inhibitors of Hedgehog Signal Pathway: A Quantitative Structure-Activity Relationship Study. Int J Mol Sci 2011, 12 (5), 3018-3033（第一）
• Zhu, R.; Hu, L.; Li, H.; Su, J.; Cao, Z.; Zhang, W. Novel Natural Inhibitors of CYP1A2 Identified by in Silico and in Vitro Screening. Int J Mol Sci 2011, 12 (5), 3250-62（第一）
• Huang, D.; Kang, H.; Zhang, D. F.; Sheng, Z.; Liu, Q.; Zhu, R. X.; Cao, Z. W. Comparison of Ligand-, Target Structure-, and Protein-Ligand Interaction Fingerprint-based Virtual Screening Methods. Acta Chim Sinica 2011, 69 (5), 515-522（并列通讯）
• Sheng, Z.; Kang, H.; Dai, T. L.; Liu, Q.; Zhu, R. X. Complementary Study of Structure Features and Gene Profile Features for Chemical Compounds. Acta Chim Sinica 2010, 68 (23), 2395-2400（通讯）
• Liu, Q.; Che, D. S.; Huang, Q.; Cao, Z. W.; Zhu, R. X. Multi-target QSAR Study in the Analysis and Design of HIV-1 Inhibitors. Chinese J Chem 2010, 28 (9), 1587-1592（通讯）
• Zhu, R. X.; Xie, M.; Wang, F.; Liu, Q.; Kang, T. G. An Efficient and Economical Method for the Preparation of Fmoc-Arg(omega,omega)'(Boc)(2)-OH. Chinese J Chem 2010, 28 (8), 1508-1509（第一）

• 2009年至今 计算机辅助药物设计
• 2010年至今 课程设计
• 2011年至今 生物信息学实验
• 2014年至今 生物信息学II

• 2013年，同济大学生命科学与技术学院首届优秀班主任奖
• 2012年，同济大学教学奖二等奖
• 2012年，入选同济大学优秀青年教师优青计划（英才计划）
• 2012年，同济大学生命科学与技术学院首届教学贡献奖二等奖
• 2011年，同济大学“青年文明号”荣誉
• 2010年，入选首届同济大学优秀青年教师培育计划（英才计划）

• Zhu RX, et al. PLoS ONE 2012;7(7):e41698.
• Zhu RX, et al. BMC Bioinformatics 2012;13:212.
• Zhu RX, et al. BMC Bioinformatics 2011;12(Suppl 14):S9.
• Zhu RX, et al. Chin J Chem 2010;28:1587-1592.
• Zhang Y, et al. PLoS One 2012;7(12):e51131.
• Tian C, et al. Chem Biol Drug Des 2013; doi:10.1111/cbdd.12274.
• Wu D, et al. BMC Bioinformatics 2012;13(1):212.
• Liu Q, et al. BMC Bioinformatics 2011;12:294.
• Ma C, et al. Toxicology 2011;283(2-3):96-100.
• Wang H, et al. Chin J Org Chem 2012;32(10):1894-1898.
• Kang H, et al. J Chem Inf Model 2012;52(3):834-843.
• Gao J, et al. BMC Bioinformatics 2012;13(1):186.
• Xu T, et al. BMC Bioinformatics 2012;13(1):75.
• Tang K, et al. BMC Bioinformatics 2011;12:157.
• Dai T, et al. BMC Bioinformatics 2011;12(Suppl 14):S9.
• Zhu RX, et al. Acta Chim Sinica 2011;69(15):1731-1736.
• Zhu RX, et al. Int J Mol Sci 2011;12(5):3018-3033.
• Zhu RX, et al. Int J Mol Sci 2011;12(5):3250-3262.
• Huang D, et al. Acta Chim Sinica 2011;69(5):515-522.
• Sheng Z, et al. Acta Chim Sinica 2010;68(23):2395-2400.
• Zhu RX, et al. Chin J Chem 2010;28(8):1508-1509.
• Zhu RX, et al. Chin J Chem 2010;28(9):1587-1592.
• Gao J, et al. Chin J Chem 2011;29(9):1805-1810.
• Chen YC, et al. Drug Discov Today 2015;20(5):595-606.
• Ma J, et al. Brief Bioinform 2020;21(4):1192-1206.
• Li H, et al. J Chem Inf Model 2014;54(6):1645-1654.
• Wang L, et al. Acta Pharmacol Sin 2016;37(6):827-838.